生物体是一个极其复杂的系统，每个细胞都有其独特的结构与功能，细胞之间的协调合作形成了维持器官功能和信息处理的特定微环境。随着生物医学研究的深入，识别细胞类型及其异质性的需求日益增长，这催生了基于单细胞层面的单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术。然而，这项技术在施行单细胞悬浮液解离的过程中，位置信息也随之丢失，并可能导致基因表达谱的变化。为了解决这一问题，空间转录组测序（spatial transcriptomics，ST）技术应运而生，它在获取基因表达数据的同时，能够有效保留样本的空间位置信息。

2020年，空间转录组学被《Nature Methods》评选为年度技术方法，2022年，空间多组学技术更被《Nature》列为七大最值得关注的技术之一，显示出空间转录组技术在科研界的日益重要性，或将成为引领新一轮科学研究的风向标。至今，空间转录组技术主要用于解决组织细胞类型组成、细胞间相互作用以及组织成分间分子相互作用这三个核心问题，广泛应用于神经病学、胚胎发育、炎症性疾病和肿瘤微环境等领域。今年9月，中山大学肿瘤防治中心的贝锦新研究小组将单细胞和空间转录组技术结合，探讨三级淋巴结构与肿瘤细胞聚集体的作用机制。他们在病理切片的基础上分析了77个活检样本和血液样本中343,829个细胞的单细胞转录组，以及来自15个肿瘤的31,316个斑点的空间分辨转录组，揭示了与鼻咽癌进展和免疫疗法反应相关的三级淋巴结构，并发现了与肿瘤细胞相互作用的关键细胞群。

在这一研究中，作者利用尊龙凯时人生就博的Stereo-seq平台对鼻咽癌新鲜冰冻样本进行分析，以探索肿瘤内微小结构；同时，在VisiumSpatial平台处理FFPE样本，回顾性评估鼻咽癌患者的免疫治疗效果。两者结合，为不同起始样本提供了全面的基因表达谱分析和组织结构细致研究，尽管它们都需要极高的RNA样品质量。研究团队在Stereo-seq的检测中，活检后30分钟内即开始进行OCT切片的制备，随后使用RNeasyMiniKit对切片进行RNA提取并控制每份RNA样品的完整性，以构建空间转录组RNA文库。类似地，在VisiumSpatial平台的应用中，也使用了RNeasyFFPEKit进行有效的RNA提取，确保后续分析的高质量。

空间转录组在肿瘤微环境研究中的应用还有更大的潜力。研究人员采用了形态学增强的空间转录组分析整合器（METI）算法，系统性地分析了肿瘤生态系统，映射癌细胞与肿瘤微环境（TME）成分，通过分析细胞间的共定位，提供了更深入的洞察。在此框架下，研究者对肺部肿瘤、膀胱肿瘤以及其它肿瘤的FFPE样本进行了RNA提取，并选取特定水平的样本进行后续分析。另外，基于杂交原理的NanoString nCounter系统，也为肿瘤微环境的空间转录组研究提供了新的思路。该技术采用核酸分子与探针的杂交，能直接在多种样本中实现对RNA的定量检测，从而降低提取过程中可能引入的偏差。

通过以上介绍不难看出，在肿瘤微环境研究以外，空间转录组技术同样在神经病学和胚胎发育等领域展现了广泛的应用前景。为了获得优质的FFPE样本，研究者们在样本制备过程中需采取规范操作，减少RNA降解，以确保其适用于后续的研究。尊龙凯时人生就博所提供的针对FFPE RNA提取的解决方案如RNeasyFFPEKit或miRNeasyFFPEKit，优化了操作流程，有效避免RNA降解，保证了样本分析的准确性。

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